1886年，清光緒十二年，美國(guó)基督教“衛(wèi)理公會(huì)”的蘭大夫、衛(wèi)大夫在崇文門(mén)的孝順胡同開(kāi)辦名為“同仁醫(yī)院”的眼科診所。
1899年，“衛(wèi)理公會(huì)”的霍甫金斯·賀慶先生捐資教會(huì)在北京東交民巷東口(現(xiàn)北京同仁醫(yī)院地址)使館區(qū)內(nèi)選定并購(gòu)?fù)自褐罚_(kāi)始籌備興建工程。
1913年，醫(yī)院在西山選定基地建造樓房，命名為“天然療養(yǎng)院”，專(zhuān)門(mén)結(jié)核病。
1914年，醫(yī)院南樓建成。同年，西病房樓落成。醫(yī)院的病房設(shè)在西樓，分為三層，有眼科、內(nèi)科和外科病房，眼科約占1/2。
1917年，醫(yī)院北樓落成，賀慶院長(zhǎng)得到了中華博醫(yī)學(xué)會(huì)的資助，聘請(qǐng)美國(guó)醫(yī)生潘提司先生來(lái)院工作，設(shè)立牙科。1918年與協(xié)和醫(yī)院合辦牙科專(zhuān)門(mén)醫(yī)學(xué)校。
1918年，由于賀慶家族的捐資，新址落成后，英文名稱(chēng)改為“賀約翰氏捐建美以美會(huì)醫(yī)院”。1927年賀慶大夫退職以后，醫(yī)院英文名稱(chēng)再次更改為“賀氏紀(jì)念醫(yī)院”。
1942年，日偽北京特別市公署衛(wèi)生局接收同仁醫(yī)院全部資產(chǎn)，日偽北京市衛(wèi)生局將同仁醫(yī)院改為“市立第二醫(yī)院”，賀慶院長(zhǎng)被迫離職。
1945年5月，醫(yī)院又由日本“開(kāi)發(fā)醫(yī)療組合”接管，改名為“開(kāi)發(fā)醫(yī)院”。
1945年11月14日，衛(wèi)理公會(huì)會(huì)督江長(zhǎng)川、美國(guó)代表白輔德致函北平衛(wèi)生局，要求將醫(yī)院收回管理。次年1月，衛(wèi)理公會(huì)收回了醫(yī)院，恢復(fù)使用同仁醫(yī)院的名稱(chēng)。
1949年4月，在中共北京市委及市總工會(huì)的領(lǐng)導(dǎo)下，醫(yī)院建立了工會(huì)。同年11月，建立了新民主主義青年團(tuán)。
1952年7月，醫(yī)院與北京市婦嬰醫(yī)院合并，更名為“北京市同仁醫(yī)院”，增設(shè)了婦產(chǎn)科、小兒科。
1953年8月，北京市人民政府正式接管醫(yī)院，更名為“北京市立同仁醫(yī)院”。
1955年，醫(yī)院更名為“北京市同仁醫(yī)院”。
1958年10月，北京市政府決定將同仁醫(yī)院的神經(jīng)外科全部遷到以神經(jīng)外科為中心的宣武醫(yī)院。
1959年，眼科研究所成立，設(shè)有微生物、病理、生理研究室，羅宗賢教授任所長(zhǎng)。
1966年，文化大革命開(kāi)始后醫(yī)院更名為“北京市工農(nóng)兵醫(yī)院”。
1979年，醫(yī)院復(fù)名“北京市同仁醫(yī)院”。
1994年，更名為“首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京同仁醫(yī)院”。
北京同仁醫(yī)院眼底專(zhuān)科引領(lǐng)國(guó)內(nèi)眼底病的發(fā)展方向，在國(guó)內(nèi)率先開(kāi)展了間接檢眼鏡下孔源性視網(wǎng)膜脫離的手術(shù)，開(kāi)展了玻璃體視網(wǎng)膜顯微手術(shù)，創(chuàng)新了視網(wǎng)膜中央動(dòng)脈栓塞的玻璃體手術(shù)，在驅(qū)逐性出血以及眼底腫瘤的放射性敷貼和局部切除手術(shù)等多個(gè)方面處于國(guó)內(nèi)和國(guó)際前沿。
青光眼科有博士研究生導(dǎo)師一人，碩士研究生導(dǎo)師兩人;有正高級(jí)職稱(chēng)人員5人，副高級(jí)職稱(chēng)人員人9人;青光眼科常年承擔(dān)首都醫(yī)科大學(xué)及首都醫(yī)科大學(xué)國(guó)際學(xué)院本科生、研究生、國(guó)際學(xué)生的臨床授課任務(wù);青光眼科每日的平均門(mén)診病人量200-300人次，科室開(kāi)放床數(shù)52張，年手術(shù)量超過(guò)3000臺(tái)，青光眼科住院部的床位使用率常年超過(guò)，術(shù)前平均住院日低于4天，各項(xiàng)醫(yī)療指標(biāo)位居全國(guó)前列。其中2/3的患者來(lái)自外地，每年培養(yǎng)研究生和進(jìn)修醫(yī)生近百名。
北京同仁醫(yī)院眼外傷專(zhuān)科集幾代眼外傷人的總結(jié)積累、幾十年的臨床實(shí)踐診治經(jīng)驗(yàn)，業(yè)已形成一套具有自身特色的、在國(guó)內(nèi)外業(yè)界具有良好口碑的眼外傷診斷常規(guī)，現(xiàn)已發(fā)展成為我國(guó)規(guī)模大、綜合技術(shù)力量強(qiáng)的眼外傷專(zhuān)科。眼外傷專(zhuān)科除開(kāi)展一般常見(jiàn)疾病手術(shù)如：白內(nèi)障摘除、人工晶狀體植入，晶狀體脫位半脫位摘除、人工晶狀體/張力環(huán)脫位半脫位復(fù)位、玻璃體切除，眼內(nèi)異物取出，視網(wǎng)膜嵌頓、視網(wǎng)膜脫離復(fù)位等手術(shù)外，還廣泛開(kāi)展了各種復(fù)雜眼外傷的前后段聯(lián)合手術(shù)，善于接診各類(lèi)眼外傷疑難雜癥和重急癥患者，在眼外傷后各種疑難高危復(fù)雜玻璃體視網(wǎng)膜病變、眼前節(jié)紊亂、眼球早期萎縮、眼后房微小異物、感染性眼病、復(fù)雜性虹膜睫狀體病變以及嚴(yán)重眼化學(xué)傷等眼外傷相關(guān)疾病的診治水平處于國(guó)際水平，是國(guó)內(nèi)復(fù)雜性眼外傷患者的轉(zhuǎn)診中心，使許多以往無(wú)法醫(yī)治的眼底、眼外傷復(fù)雜疑難病癥得到成功的救治。
