醫(yī)院擁有教育部兒科學國家重點學科和教學團隊，是首都醫(yī)科大學兒科醫(yī)學院和兒科學系所在地，現(xiàn)有教授、副教授116人，承擔著本科及博士、碩士研究生、七年制兒科專業(yè)，護理大專及繼續(xù)醫(yī)學教育等多層次教學任務，并設有博士后流動站，每年為社會輸送大量兒科人才。

北京兒童醫(yī)院先后獲得“全國文明單位”“首都文明單位標兵”“首都文明服務示范窗口”“?？漆t(yī)院”“雙十佳人民滿意醫(yī)院”“北京三甲醫(yī)院”榮譽稱號及“首都勞動獎狀”“全國五一勞動獎狀”。

2001年，在胡亞美院士和吳敏媛教授的直接領導下，成立北京兒童醫(yī)院血液病中心造血干細胞移植專業(yè)組，是國內早系統(tǒng)開展兒童造血干細胞移植工作的中心之一。2021年，在原有血液腫瘤中心干細胞移植病房基礎上，成立了北京兒童醫(yī)院干細胞移植科，同年 6月，干細胞移植科在北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院，成立了我國北方、保定的兒童造血干細胞移植中心，現(xiàn)干細胞移植科分為2個病區(qū)，北京病區(qū)（本部）和保定病區(qū)， 2個病區(qū)共20間百級移植倉，6間千級移植倉，2個干細胞采集室，1個干細胞實驗室，每年進行150-250例造血干細胞移植，是目前我國北方的兒童造血干細胞移植中心，秦茂權帶領其團隊分別長駐北京和保定同時開展干細胞移植工作，保證及管理的同質化。

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